A organização administrativa da Universidade Estadual do Piauí – UESPI, após a fusão com a Fundação Universidade Estadual do Piauí – FUESPI, passou a ser de natureza fundacional pública, nos termos de seu Estatuto. Suas atividades estão relacionadas à oferta de Ensino, Pesquisa e Extensão, bem como às atividades administrativas, financeiras e patrimoniais relacionadas a essa oferta.
Para a consecução de suas finalidades, a organização administrativa da UESPI atende o que determina seu Estatuto, Regimento Geral e Resoluções expedidas pelo Conselho de Ensino Pesquisa e Extensão – CEPEX, Conselho de Administração e Planejamento – CONAPLAN e Conselho Universitário – CONSUN.

O CONSUN é o órgão máximo deliberativo, normativo, consultivo e última instância de recursos no âmbito da universidade. O CEPEX é o órgão superior deliberativo e consultivo da UESPI em matéria de Ensino, Pesquisa e Extensão. O CONAPLAN é o órgão superior deliberativo e consultivo da Universidade para as matérias de natureza administrativa.

Além dos Conselhos Superiores, a UESPI possui os seguintes órgãos em sua Organização Administrativa:
A. Reitoria – é o órgão executivo da Administração Superior da IES que administra todas as unidades universitárias e cuja direção é exercida pelo Reitor. Para desempenhar as funções de supervisão e coordenação das ações acadêmicas, o Reitor é auxiliado por 05 (cinco) Pró-Reitorias:

i. Pró-Reitoria de Administração e Recursos Humanos – PRAD: coordena, dirige e executa as atividades administrativas e de desenvolvimento, além de controlar os recursos humanos da Universidade. Realiza atividades dando ênfase à gestão de pessoas, materiais, transportes, vigilância, obras e conservação patrimonial.
ii. Pró-Reitoria de Ensino de Graduação – PREG: determina as diretrizes para orientar a ação da Universidade relacionada ao Ensino de Graduação, em suas diferentes modalidades. Estabelece as normas para a avaliação do ensino, criação e organização de novos cursos e oferta dos cursos existentes, visando à promoção dos alunos para habilitá-los à obtenção do grau acadêmico.
iii. Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação – PROP: promove o desenvolvimento de pesquisas científicas e tecnológicas, apoia programas de pós-graduação e a produção de conhecimentos, associado ao Ensino e à Extensão como forma de contribuir para o desenvolvimento local e regional.
iv. Pró-Reitoria de Extensão e Serviços Estudantis e Comunitários – PREX: estabelece uma relação bidirecional entre a Universidade e a comunidade, mediante a prestação de serviços e oferta de cursos, consolidando a interface do meio acadêmico com setores da sociedade. Responde pelas políticas de apoio à permanência do aluno nos cursos de graduação, coordenando programas de bolsas e estágios.
v. Pró-Reitoria de Planejamento e Finanças – PROPLAN: planeja, organiza e controla as atividades relacionadas ao registro e execução orçamentária, financeira e contábil dos recursos oriundos de arrecadação, convênios e aqueles provenientes dos Tesouros Nacional e Estadual.

B. Diretoria
A Diretoria de Campus e de Centro é exercida pelo(a) Diretor(a) e nas suas faltas e impedimentos, pelo(a) Vice-Diretor(a). Ambos são docentes da carreira de magistério superior da universidade e nomeados pelo(a) Reitor(a), na forma do Regimento Geral, após processo de eleição direta com consulta à comunidade universitária.
À Diretoria compete administrar e representar a Unidade Universitária dentro e fora da UESPI. Além disso, o(a) Diretor (a) integra os Conselhos de Administração e Planejamento e Conselho Universitário. Suas atribuições subsidiárias estão detalhadas no Regimento Geral da Universidade.

C. Coordenações de Cursos

A Coordenadoria de Cursos da UESPI representa o elemento da organização administrativa de natureza pedagógica. Organiza a documentação relativa a cada curso, preside o Colegiado do Curso, participa do Conselho da Unidade Universitária, a oferta de disciplinas e preside o Núcleo Docente Estruturante – NDE, que acompanha a execução do Projeto Pedagógico do Curso. Suas competências subsidiárias estão descritas no Regimento Geral da Universidade.